El Centro de Biodiversidad de Euskadi - Madariaga Dorretxea está gestionado por Ihobe, Sociedad Pública de Gestión Ambiental.
Ihobe es una Sociedad Pública que, en sintonía con los planes y directrices del Gobierno Vasco y con los criterios de desarrollo sostenible, tiene por finalidad mover a la acción a todos los agentes de la Comunidad Autónoma del País Vasco, e intervenir, si fuera necesario, para lograr una mejora ambiental continua buscando la satisfacción del Departamento de Medio Ambiente, Planificación territorial, Agricultura y Pesca del Gobierno Vasco, de sus clientes, personas y colaboradores y con un decidido compromiso de responsabilidad social.
Ihobe ha adjudicado mediante concurso público la gestión y explotación del área de participación pública de Torre Madariaga a Ortzadar S.L, empresa integral de gestión de programas sociales, culturales, educativos y de medio ambiente.